En este apartado se incluyen las relaciones o alianzas que, con otras instituciones nacionales y extranjeras, públicas y privadas, mantiene el programa de doctorado.
Colaboraciones mediante convenio
- Convenio de Colaboración entre la Universidad de Almería y el Departamento de Geografía de la Universidad de Ruan (Francia).
 - Convenio de Colaboración entre la Universidad de Almería y la Ecole Doctorale 124 de Histoire de l'Art et Archaeologie de la Université de la Sorbonne (París).
 - Convenio de Colaboración con la Universidad de Poitiers, Universidad de Osnabrück y la Universidad de Malmoe.
 
Otras colaboraciones
En la memoria de acreditación aparecen los siguientes convenios de colaboración en materia de doctorado o relacionados con el mismo, con otras universidades
- Acuerdo de cotutela de tesis doctorales con el Departamento de Geografía de la Universidad de Ruan (Francia).
 - Acuerdo de cotutela de tesis doctorales con la Ecole Doctorale 124 de Histoire de l’Art et Archaeologie de la Universitè de la Sorbonne (París IV), UMR Orient et la Méditerranée.
 - Acuerdo Erasmus de intercambio de estudiantes del máster de Estudios e Intervención en Inmigración, Desarrollo y Grupos Vulnerables con la Universidad de Poitiers, la Universidad de Osnabrück y la Universidad de Malmoe.
 
Los investigadores del Programa de Doctorado de Ciencias Humanas y Sociales mantienen relaciones regulares de colaboración científica, así como en materias relativas al doctorado, tales como formación y acogida de doctorandos y doctores, con las siguientes instituciones:
- Instituto de Filología (Universidad nacional Autónoma de México)
 - Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima
 - Academia Peruana de la Lengua, Lima.
 - Oxford Centre for Phoenician and Punic Studies (University of Oxford)
 - Institute Nationale du Patrimoine (Tunis)
 - Unite Mixte de Récherche 8167, Orient et la Méditerranée, (Universitè de la Sorbonne- París IV)
 - Istituto di Studi sulle Civiltà Italiche e del Mediterraneo Antico (Consiglio Nazionale delle Ricerche, Roma)
 - Unite Mixte de Récherche 5608, Travaux et Recherches Archéologiques sur les Cultures, les Espaces et les Sociétés, (Université de Toulouse 2 le Mirail).
 - Centro de Arqueología (Universidade de Lisboa)
 - Dipartimento di Storie e Metodi per la Conservazione dei Beni Culturali, Facoltà di Conservazione dei Beni Culturali (Università degli Studi di Bologna).
 - Centro de Estudos Clássicos e Humanísticos. (Universidade de Coimbra).
 - Ioannou Centre for Classical and Byzantine Studies. (University of Oxford).
 
Colaboraciones con expertos internacionales:
Los investigadores del Programa de Doctorado de Ciencias Humanas y Sociales mantienen relaciones regulares de colaboración científica y en materias relativas al doctorado, tales como cotutelas de doctorado, elaboración de informes de calidad de tesis doctorales, y de tesis con mención europea o internacional, participación en tribunales de tesis doctorales formación, con los siguientes investigadores:
- Carmen Leñero (Instituto de Filología, Universidad nacional Autónoma de México)
 - Rubén Medina Jaime (Instituto de Filología, Universidad nacional Autónoma de México)
 - Hildebrando Pérez Martos (Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima)
 - Marco Martos (Universidad Nacional Mayor de San Marcos Universidad Nacional Mayor de San Marcos y Presidencia Academia Peruana de la Lengua, Lima)
 - Josephine Crawley Quinn, Reader, (Oxford Centre for Phoenician and Punic Studies, University of Oxford).
 - Ahmed Ferjaoui, Directeur de Récherche (Institute Nationale du Patrimoine (Tunis)
 - Jean-Yves Monchambert, Professeur, (Unite Mixte de Récherche 8167, Orient et la Méditerranée, (Universitè de la Sorbonne- París IV)
 - Lorenza Ilia Manfredi, Primo Ricercatore (Istituto di Studi sulle Civiltà Italiche e del Mediterraneo Antico, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Roma)
 - Máximo Botto, Ricercatore (Istituto di Studi sulle Civiltà Italiche e del Mediterraneo Antico, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Roma)
 - Idda Oggiano, Ricercatore (Istituto di Studi sulle Civiltà Italiche e del Mediterraneo Antico, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Roma)
 - Pierre Moret, Directeur de Recherche (Unite Mixte de Récherche 5608, Travaux et Recherches Archéologiques sur les Cultures, les Espaces et les Sociétés, Université de Toulouse 2 le Mirail).
 - Ana Margarida Arruda, Profesora Asociada (habilitada para Cátedra) (Centro de Arqueología, Universidade de Lisboa)
 - Carlos Fabiao, Profesor Asociado, (Centro de Arqueología, Universidade de Lisboa)
 - Enrico Aqcuaro, Professore Ordinario (Dipartimento di Storie e Metodi per la Conservazione dei Beni Culturali, Facoltà di Conservazione dei Beni Culturali, Università degli Studi di Bologna).
 - Anna Chiara Fariselli, Ricercatore, Profesora Agregata (Dipartimento di Storie e Metodi per la Conservazione dei Beni Culturali, Facoltà di Conservazione dei Beni Culturali, Università degli Studi di Bologna).
 - Maria do Ceu Fialho, Catedrática (Centro de Estudos Clássicos e Humanísticos, Universidade de Coimbra).
 - Mª de Fátima Silva, Catedrática, (Centro de Estudos Clássicos e Humanísticos, Universidade de Coimbra).
 - Carmen Soares, Profesora Asociada (Centro de Estudos Clássicos e Humanísticos, Universidade de Coimbra).
 - Fiona McIntosh, Professor (Ioannou Centre for Classical and Byzantine Studies, University of Oxford).
 - Douglas Massey (Universidad de Princeton)